על-פי הסכם האיחוד ההנהלה תתבסס על הרכב שווה בין הצדדים. נציג בית"ר באר-שבע כדורי אורה ישמש כיו"ר ולצידו יפעל גם מיכאל ביטון.

מצד הפועל באר-שבע יכהנו בהנהלה המשותפת אייל חטב ורן אלתר, שני נציגים נבחרים ונאמנים של עמותת אוהדי הפועל באר-שבע (ע"ר).

בנוסף אליהם יסייעו להנהלה המשותפת עוד שני בעלי תפקידים בתחומים מקצועיים: עו"ד ניב כהן כיועץ משפטי ומירן שפילברג כדובר.